비판불교의 불교 내적 비판 정신은 어디에 기인하는가 하는 의문이 제기된다. 간단히 말해서 그것은 비판불교가 붓다의 근본 사상으로 간주하고 있는 것에 기초하고 있다. 거기에 입각해서 비판불교는 그 후에 전개된, 좀 더 정확히 말해, 인도 대승불교 중기 이후로부터 전개된 유식사상(唯識思想), 특히 여래장(如來藏)사상과 불성(佛性)사상 그리고 논란의 여지는 있지만 중국 찬술로 간주되는 『대승기신론』(大乘起信論) 이후에 전개된 본각(本覺)사상 그리고 이에 근거한 천태(天台)본각사상과 선(禪)불교사상 등 중국 불교사상의 근간을 이루고 있는 사상들을 통틀어 날카로운 비판의 칼날을 들이대고 있다. 사실상 비판불교의 비판은 대승불교사상 전체를 겨냥하고 있다 해도 과언이 아닐 정도이다. 그리고 일본 불교사상이라고 특별히 지칭할 말한 내용은 별로 없다. 다만 위에 언급한 대승불교사상이 지닌 사회적 함의가 일본 사회와 문화에 끼친 부정적 결과에 비판불교는 주목하고 있다.
_ <머리글 _ 일본 사회, 종교문화 그리고 비판불교> 중에서 

“여래장사상은 불교가 아니다”라는 마츠모토의 주장은 그 자신의 술회에 따르면 세 가지 측면에서 이루어진다. 첫째로 여래장사상이란 무엇이며, 무엇을 여래장사상이라고 보는가, 둘째로 불교란 무엇이며, 무엇을 불교라고 보는가, 셋째로 첫째와 둘째가 동일한 것이 아니라는 점이다. 이 가운데서 불교란 무엇인가라는 문제는 불교학이 탐구하는 영원한 과제이므로 “나는 X를 불교라고 생각한다”라는 주관적인 판단 형식으로 두는 것밖에는 해답을 제시할 수 없다고 마츠모토는 생각한다. 물론 그 주관적 판단은 불자들이 불전으로 전승해오는 문헌에서 설하는 바에 어느 정도 근거하지 않으면 설득력을 갖지 못할 것이다.
불교란 무엇인가에 대한 마츠모토 자신의 견해는 붓다의 연기설과 무아설이 불교의 근본이라는 것이다. 그는 우이 하쿠주(宇井伯壽)의 말을 인용하여 다음과 같이 말한다. “나는 연기설이 붓다가 설한 근본 취지로서 그 이론적 기초로 되어 있는 것이고 근본불교의 근본사상이라고 인정한다.” 우이 하쿠주의 말이 시사하고 있듯이, 연기설이 붓다의 가르침의 핵심이라는 것은 일본 불교학계에서 일반적인 것이지만, 연기설에 관한 마츠모토의 해석이 특이하다. 그는 우선 원시 불교로부터 전해온 것으로 여겨지는 12지 연기설을 중심으로 해서 연기를 이해하며, 더욱이 그것을 일정한 방향성을 지니는 시간적 인과관계로 이해한다. 따라서 중중무진(重重無盡)의 법계연기(法界緣起)나 사사무애(事事無碍)를 설하는 화엄사상(華嚴思想)에 기초해서 연기를 해석하는 우이 하쿠주(宇井伯壽)의 이해는 석존이 설했다고 보는 연기설의 해석으로서는 부적절하다는 것이 마츠모토의 판단이다.
_ <1장 _ 대승불교사상 비판 (1)> 중에서 

많은 사람들이 무상(無常)을 하나의 곡선이 끊임없이 매순간마다 미묘하게 변화하고 있어서 잠시도 멈춤이 없는 것처럼 이해한다. 다시 말해서 이 곡선은 직선을 포함하지 않는 순수한 곡선이며, ‘끊임없는 변화’(constant change)라는 것이다. 그러나 곡선에서 직선을 완전히 배제하려고 하면 곡선은 최종적으로 하나의 원으로 귀착될 수밖에 없다. 원이란 ‘끊임없는 변화’로서 끝없이 변화하고 있는 듯 보이지만 실제로는 그 변화의 방식(정도)이 일정하기 때문에 곡선이 제시하는 것은 실은 ‘변화’가 아니라 ‘무변화’에 불과하다는 것이다. 더욱이 곡선은 ‘변화’라는 시간성의 가장 본질적인 성질을 상실함에 따라 일정한 불가역적 방향성도 상실하게 된다. 따라서 곡선에는 방향을 제시하는 화살표도 이미 소실되고 시간이 완전히 해소되게 된다는 것이다.
한순간도 멈춤이 없는 ‘끊임없는 변화’라는 것은 실은 ‘무변화’이고 ‘무시간’에 지나지 않는다는 것이 마츠모토의 판단이다. 그에 의하면 이와 같은 ‘끊임없는 변화’를 상정하는 시간론의 근본적인 오류는 시간을 본질적으로 공간적인 양의 문제로 파악하고 있다는 데 있다. 따라서 어떤 것 X에 대해 끊임없는 변화가 상정될 때 그 X는 반드시 공간적인 ‘사물’(thing)로 파악된다는 것이다. 이것은 말하자면 물리적 시간, 과학적 시간이기 때문에 이론으로서는 일반인들이 납득하기 쉬운 측면이 있기 때문에 더 문제가 된다는 것이 마츠모토의 비판이다.
_ <2장 _ 대승불교사상 비판 (2)> 중에서 

마츠모토에 따르면 ‘순수한 일본주의’를 가장 대표적으로 보여주는 사람은 미시마 유키오다. 마츠모토는 미시마의 이상적이고 일관적인 일본주의를 다음과 같이 기술한다. “그에게 일본은 절대적 가치였고, 너무나 그러해서 그는 일본이 없는 자기 자신의 존재 내지 천황이 없는 일본의 존재는 상상도 할 수 없었고, 그것의 논리적 결론은 천황이 없이는 자기 자신도 존재하지 않는다는 것이었다.” 마츠모토는 미시마의 순수한 일본주의가 유가행파(瑜伽行派)사상과 관련된 것이라고 본다. 즉, 유가행파사상에 몰두했던 미시마는 일본인의 “문화적 연속성” 혹은 “임시적 연속성”을 유식의 “자기동일성” 철학으로 보았다는 것이다. 그러나 물론 미시마의 사상과 행동이 ‘불교적’이라는 말은 아니다. 마츠모토는 궁극적으로 “미시마가 유식설에서 자기 동일성의 세계에 전적인 혐오를 느꼈음에 틀림없다”고 주장한다. 미시마는 윤회를 싫어했고 “유식적 세계 밖으로 나가는 데 몰두했다”는 것이다. 마츠모토는 미시마가 그의 할복자살을 통해 “순수한 일본주의는 필연적으로 죽음의 철학”이라는 것을 입증했다고 본다. 그러므로 불교는 “삶의 철학”이라고 믿는 마츠모토는 “죽음의 철학”인 순수 일본주의를 반대한다.
비판불교의 사회 비판이 얼마나 진보적이고 실천적인가에 대해서는 의견이 갈릴 것이다. 비판불교는 동시대의 ‘참여불교’(Engaged Buddhism)처럼 직접적 불교해방운동으로 발전하지는 못했다. 그럼에도 불구하고 1980년대 이후 정치적, 문화적으로 급격히 우경화되고 있던 일본의 시대 상황에서 그리고 매우 보수적인 일본 학계의 풍토에서 “일본주의”에 대한 본격적 비판을 시도한 것은 결코 쉬운 일이 아니었다는 사실을 간과해서는 안될 것이다. 민족주의와 국가주의에 경도되는 사회적 주류의 관점과 방향에 정면으로 거스르는 비판불교의 일본주의 비판은 이에나가 사부로(家永三郞)가 말한 ‘부정의 논리’의 한 역사적 표현으로 보아도 좋을 것이다.
_ <3장 _ 비판불교의 일본 사회 비판> 중에서 

종교적 혼합주의가 사회적 차별과 억압을 초래한다는 비판불교의 주장은 다른 종교 연구자들에 의해서도 지지된다. 예를 들면, 신불습합은 신도와 불교의 역할분담의 형태로 나타나는데, 조셉 스패는 일본의 신도는 피안의 일은 불교에 넘기고 차안의 일에 전념했다고 한다. 여기서 스패가 강조하는 것은 그리스도교와 달리 신도는 세계를 변화시키지 않고 그냥 받아들인다는 점이다. 즉 신도의 차안성은 세계 변혁적(world-transforming)이기보다는 세계 긍정적(world-affirming)이라는 것이다. 여기서 중요한 점은 세계 부정적(world-denying) 피안성이 강한 불교와 세계 긍정적 차안성이 강한 신도가 사회적 차원에서는 유사한 태도를 취하게 된다는 사실이다. 즉, 세계 부정적 불교가 사람들로 하여금 차안의 세계에 대해 무관심하게 만들어서 오히려 기존 질서를 긍정하는 결과를 가져왔다면, 세계 긍정적 신도는 차안의 세계를 있는 그대로 긍정함으로써 동일한 결과를 가져왔다는 것이다. 이렇게 본다면, 그러한 결과는 종교혼합주의나 신불습합 혹은 화(和)의 논리로 인해 무조건 기존 질서를 받아들였기 때문이기보다는 세계 부정성이 원래부터 없었던 신도와 세계 부정성을 상실한 불교의 습합에서 무비판적인 현실 긍정이 배가되어 나올 수밖에 없었다고 볼 수 있다. 이 점에서 비판불교가 문제 삼는 것은 신불습합 현상 자체가 아니라 불교의 피안적 세계 부정성과 역설적이지만 이와 밀접하게 연결된, 아니 동전의 양면과도 같은 무비판적인 현실 긍정성이라고 할 수 있다. 곧 불교 자체가 문제가 된다. 그래서 비판불교가 기체설에 물든 불교를 비판하는 것이다.
_ <4장 _ 비판불교의 일본 종교문화 비판> 중에서 

사실 유일신 신앙에 길들여진 서구 신학자들의 눈에는 윤리적 비판의식의 부재 내지 결여는 불교뿐 아니라 동양 종교 일반이 지닌 문제로 오랫동안 인식되어 왔다. 유일신 신앙의 세계관이나 인간관에서 볼 때 절대와 상대, 영원과 시간, 일과 다, 본체계와 현상계 사이에는 무시하기 어렵고 건너기 어려운 존재론적 단절이 놓여 있다. 따라서 이러한 사고에 길들여진 유일신 신앙의 사람들이 대승불교사상, 특히 화엄철학이나 선불교사상 같은 것을 접할 때 보이는 일반적 반응 가운데 하나는 자기들이 그렇게도 경계하고 폄하하도록 세뇌되어 온 이른바 ‘범신론’(pantheism)이 아닌가 하는 회의적 반응이다. 마치 범신론만은 안 된다는 듯이 그들은 부정적인 어투로 말한다. 유일신 신앙의 관점에서 볼 때, 범신론이 지니고 있는 가장 큰 문제는 존재하는 모든 것을 성스럽게 여기고 품는 무조건적인 현실 긍정에 있다. 존재하는 모든 것, 모든 현상이 선악시비를 가리지 않고 신이 내재하는 성스러운 것이고 신의 현현 내지 양태들이라고 생각하기 때문이다. 대승불교사상에 대한 비판불교의 비판적 시각도 이런 그리스도교의 범신론 비판과 근본적으로 궤를 같이 한다. 유감스럽지만 마츠모도 교수의 시야와 관심이 과연 불교사상이라는 테두리를 넘어 이런 폭넓은 비교종교학적 통찰에까지 미치는지 필자로서는 판단하기 어렵다.
_ <종합적 비평 _ 비판불교와 한국 종교> 중에서